明孝陵博物馆正式成立于2003年，其主要职责是宣传展示世界文化遗产明孝陵，收藏明代文物及相关史料，研究明代历史和文化。2008年，明孝陵博物馆依照《下马坊遗址公园规划》，改造利用大金门南面原南京手表厂部分厂房，建立明孝陵博物馆新馆。2009年2月18日，明孝陵博物馆新馆正式面向社会免费开馆。

明孝陵博物馆以弘扬中华优秀传统文化为己任，围绕中华传统文化节日和重要纪念日，结合馆藏和展览优势、结合文史研究与研学活动优势、结合博物馆与世界遗产地优势、结合“母亲山”历史人文与自然生态优势，精心设计策划形式多样、积极向上的专题活动，带领观众体验节日习俗、传承革命传统、展现中国精神、增进文化自信。2017年以来，举办相关专题展览8个，《洪武流韵——南京·小地名大历史》获得博物馆文化创意设计赛优秀奖，连续三年举办《钟山廉韵——朱元璋与明初廉政文化主题展》，我馆被评为南京市廉政教育试单教育基地。策划开展公益文化和研学活动349场次，其中“明孝陵的守护神”“明代建筑与榫卯”“一记朱砂釉里红”“红领巾小小讲解员”成为我馆品牌特色活动，明代建筑与榫卯获得优秀教育项目。通过三年的研究与推广，形成系列与品牌，打造以“参观+文化讲座+动手体验”，集知识性、文化性、参与性、趣味性于一体的文化项目模式。